黑龙江农业工程职业学院创建于1949年。1958年至1964年为黑龙江省农机化学院，从事了六年的本科教育工作。1980年学校被教育部确定为国家级重点中专：在1992年农业部办学水平评估中被评为A等一级。2001年3月8日学校被黑龙江省政府批准晋升为高等职业技术学院。2002年11月28日，经教育部和财政部审定，我院被批准为国家中央财政重点支持建设的全国33所示范性职业院校之一。2003年被农业部确定为首批“农业职业教育能力建设计划”试点院校。2003年12月被教育部、交通部、国防科工委等六部委确定为汽车运用与维修专业及数控技术应用专业领域技能型紧缺人才培养基地。2004年1月被黑龙江省教育厅批准为哈尔滨地区数控技术职业教育实训基地。
   学院占地面积204万平方米，其中校园占地面积58万平方米、实习农场145万平方米。校舍建筑面积18.2万平方米，建有教学主楼、第二教学楼、图文信息中心、实训技术中心、计算机中心、体育中心、教师办公楼、行政办公楼、后勤综合楼、学生公寓、400米标准跑道运动场等雄厚的基础设施。拥有汽车综合性A级检测线、MPS模块化生产加工系统、数控机床教学系统、网络技术实训平台、电器智能实训平台、数字化语言教学系统等现代化实验室48个，教学仪器设备总值2295万元。拥有多媒体教室20个、投影教室23个、学生用计算机1000台、藏书24.5万册。另有农机维修中心、汽车修配厂、汽车驾校、龙岗销售公司、金工实习厂、MPS模块化生产加工中心等12个校内实训基地。还建立了稳定的校外实训基地38个。
   学院现有在校生4927人，教职工350人，专任教师223人。其中具有高级技术职称教师86人、“双师型”教师110人、研究生学历教师75人，省级学科带头人5名。现有农业工程、机电工程、汽车工程、信息工程、经济管理5个系。开设农机应用与管理技术、汽车运用与维修技术、园林花卉、应用电子技术、信息工程、机电一体化、数控技术、会计电算化、焊接工艺、计算机应用技术等近30个专业。其中汽车运用与维修技术和农机运用与维修技术两个专业被教育部确定为国家级教学改革试点专业，机电一体化和计算机应用技术两个专业被确定为省级教学改革试点专业。劳动和社会保障部在我院设立了农业特有工种职业技能鉴定站，能对36个工种进行职业技术鉴定。2002年4月13日学院与英国皇家农业大学达成合作办学协议，先后派出6名骨干教师出国读MBA，学院办学成功地迈出与国际接轨的第一步。
   五十多年来，学院培养了两万余名中高级技术人才，分布于全国各地，已成为我省乃至全国农业行业的骨干力量。现与深圳、上海等地建立了广泛畅通的毕业生就业渠道，近三年来，毕业生就业率均达到85%以上。在这些毕业生中，既有以我国第一位女拖拉机手梁军为代表的老一辈开拓者，又有以五一劳动奖章获得者申佩环为代表的时代先锋。他们辛勤耕耘在全国各条战线上，以自己的智慧和力量为我国的农业现代化建设做出了应有的贡献。
   学院以“坚持职教方向，服务社会经济，面向农业，面向各类企业，培养生产、管理、服务第一线的高等技术应用性人才”为目标，牢固树立为社会经济发展服务的意识，坚持将我院的发展与科教兴农相结合。通过深化改革，扩大规模，优化结构，强化管理，提高办学质量和效益，逐步形成了以能力培养为本位，以高等职业技术教育为主体，网络本科教育、职业岗位培训并存的特色办学体系。
   近年来，教育部王湛副部长、申立国副省长等领导先后来校视察指导工作，全国人大常委、民进中央副主席王佐书也多次到我院考察并讲学。在各级领导的关怀和支持下，师生员工和衷共济，学院以改革为契机，解放思想，开拓进取，已形成了独具内涵的“三种形象、四种精神、四个坚持”的名牌战略思想。“热爱学校、开拓进取、自加压力、奋斗拼搏”的优良校风已经形成。学院先后被授予“省级文明单位标兵”、“全国农业系统先进集体”、“职业教育工作先进单位”、“省级绿化先进单位”。全院教职工正为创建全国示范性职业技术学院的宏伟目标而奋斗。