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东部沿海地区的三本高校，学费整体上较高。广州大学松田学院、厦门大学嘉庚学院、浙江大学城市学院、浙江万里学院等普通本科专业的学费每年一般为1.6万元，个别专业甚至高达1.8万元。
与东部沿海地区相比，江西、宁夏等中西部地区的三本高校，收费相对较低，如华东交通大学理工学院、南昌大学科学技术学院、宁夏理工学院、江西蓝天学院等普通本科专业的学费，每年多在8000元，个别专业甚至低于8000元。
我省三本高校普通本科专业的学费多在1万元到1.3万元之间。
据悉，三本院校均按民办机制运行，国家不直接投入办学经费，其学费均按办学成本收费。今年，省内外共有214所独立学院和民办院校，在我省计划招生3.453万人。在这214所院校中，省内院校32所，省外院校182所，民办高校18所，独立学院196所。
武科大中南分校高等教育研究所廖小磊研究员介绍，独立学院每年须向母体高校交纳学生学费的20％至30％作为“品牌使用费”，是造成独立学院学费普遍高于民办高校的一个重要的原因。而不同区域之间三本院校办学成本的差异，是造成院校之间学费差异的另一个重要原因。